Dikenal sebagai mayoritas umat kristiani, ada banyak sekali gereja di Danau Toba. Danau Toba dikenal dengan keberagaman dan toleransi beragama. Walaupun mayoritas beragama Kristen, umat agama lainpun bisa beribadah dengan damai di tempat ibadahnya masing-masing seperti masjid di Danau Toba